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    Bioz 研究文章全基因組測序

    發(fā)布時間: 2022-12-02  點(diǎn)擊次數(shù): 589次

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    Bioz 研究文章全基因組測序

    研究文章全基因組測序鑒定了受 X 連鎖無丙種球蛋白血癥影響的大型印度家族中的新結(jié)構(gòu)變體 Abhinav Jain1,2 somethingGeeta Madathil Govindaraj3,4 something * ,Athulya Edavazhimurath3,5Nabeel Faisal3,Rahul C. Bhoyar1Vishu Gupta1,2,Ramya Uppuluri6ShinyPadinjare Manakkad3,Atul Kashyap1Anoop Kumar1,Mohit Kumar Divakar1,2,Mohamed Imran1,2Sneha Sawant7,Aparna Dalvi7,Krishnan Chakyar3,manisha Madkaikar7,Revathi Raj6Sridhar Sivasubbu1,2 * ,Vinod ScariaID1,2 * 1 CSIR-基因組學(xué)和綜合生物學(xué)研究所,新德里,德里,印度,2科學(xué)與創(chuàng)新研究院,Ghaziabad,印度北方邦,3政府醫(yī)學(xué)院兒科系,科澤科德,喀拉拉邦,4兒科系,fPID 區(qū)域診斷中心,印度喀拉拉邦科澤科德政府醫(yī)學(xué)院科澤科德政府學(xué)院多學(xué)科研究室印度金奈阿波羅醫(yī)院兒科血液學(xué)、腫瘤學(xué)、血液和骨髓移植系 Tamil Nadu 印度 Maharashtra 孟買 KEM 醫(yī)院國家免疫血液學(xué)研究所兒科免疫學(xué)和白細(xì)胞生物學(xué)系

    連鎖無丙種球蛋白血癥(XLA,OMIM # 300755)是一種原發(fā)性免疫缺陷性疾病,由 BTK 基因的致病性變異、擁有屬性發(fā)育失敗和 B 淋巴細(xì)胞成熟引起。據(jù)估計(jì),世界19萬名男嬰中就有一名患病。最近,基因組測序已被廣泛應(yīng)用于難以診斷和家族病例。我們報(bào)告了一個大的印度家庭患有 XLA 與五個受影響的個體。我們對所有患者進(jìn)行了全血計(jì)數(shù)、免疫球蛋白測定和淋巴細(xì)胞亞群分析,并分析了一名患者及其母親的 Btk 表達(dá)。我們已為四名病人進(jìn)行了全外顯子組測序,并為兩名病人進(jìn)行了全基因組測序測序。使用多重連接依賴性探針擴(kuò)增(MLPA)17個家族成員進(jìn)行載體篩選,并使用 finestrucCTURE 進(jìn)行單倍型祖先定位。所有患者均有低丙種球蛋白血癥和低 CD19 + b 細(xì)胞。一例接受 Btk 檢查的患者表達(dá)較低,其母親表現(xiàn)為馬賽克樣。我們無法從 WES 數(shù)據(jù)集中鑒定任何與患者臨床特征相關(guān)的單核苷酸變異或小的插入/缺失。通過 WGS 數(shù)據(jù)進(jìn)行的結(jié)構(gòu)變異分析確定了在 chrX 基因座處5,296bp 的新的大缺失包含 BTK 基因的外顯子3-5100,624,323-100,629,619。家族篩查發(fā)現(xiàn)7個攜帶者的缺失。兩名患者的造血干細(xì)胞移植成功。單倍型作圖揭示了一個南亞血統(tǒng)。WGSled 發(fā)現(xiàn)了準(zhǔn)確的基因突變,這有助于早期診斷,從而改善結(jié)果,預(yù)防久性器官損傷,提高生活質(zhì)量,并使家庭中的遺傳咨詢和產(chǎn)前診斷成為可能。

    介紹

    X連鎖無丙種球蛋白血癥(XLA)是一種單基因原發(fā)性免疫缺陷疾病

    BTK(布魯頓氨酸激酶)基因[1]的致病性突變引起

    隱性遺傳。BTK基因參與發(fā)育、成熟和信號傳導(dǎo)

    B細(xì)胞[2]。血漿B細(xì)胞的缺乏導(dǎo)致所有類型的

    免疫球蛋白。具有BTK基因致病性變體的患者通常表現(xiàn)為

    318個月大的反復(fù)感染。最常見的感染是

    被包裹的細(xì)菌引起的呼吸道。[3, 4]. XLA的流行

    據(jù)估計(jì),每19萬名男性新生兒中就有1名,或每37.9萬名活產(chǎn)嬰兒中就有一名,其中40%的病例有陽性家族史[5]。根據(jù)診斷標(biāo)準(zhǔn),

    患有低丙種球蛋白血癥或無丙種球球蛋白血癥,<2%CD19+B細(xì)胞,以及

    被證明患有無丙種球蛋白血癥和<2%CD19+B細(xì)胞的母系男性家族成員,或被證實(shí)(通過DNA、信使核糖核酸

    mRNA)或蛋白質(zhì)分析)缺陷。

    BTK基因位點(diǎn)定位于X染色體上橫跨36.7kbXq21.3-Xq22

    19個外顯子和5個功能域組成??缭皆摶蜃拇罅窟z傳變異已被映射到BTK基因座,并被系統(tǒng)地收集和保存

    BTKbase數(shù)據(jù)庫

    報(bào)告的突變是單核苷酸變異(73%),

    以及拼接部位的變化。小插入和缺失(18%)和結(jié)構(gòu)變異(9.5%

    解釋剩余的突變。只有3.5%的總刪除報(bào)告破壞了

    BTK基因的功能[8]。據(jù)報(bào)道,有大量XLA患者

    其中僅BTK基因缺失或包含BTK的總?cè)笔?/span>

    很少有鄰近基因如TIMM8A、TAF7L、ArtemisIGHMDRP2[9,10]BTKTIMM8A基因的連續(xù)缺失導(dǎo)致免疫缺陷性肌張力障礙,

    變和感音神經(jīng)性耳聾被稱為XLA Mohr-Tranebjrg綜合征(XLA-MTS[11]

    我們報(bào)告了五名XLA患者,他們屬于一個印度大家庭。整體

    基因組測序在基因座chrX:100624323-

    100629619跨越BTK外顯子3–5。通過多重連接依賴探針進(jìn)行篩選

    大家族中的擴(kuò)增(MLPA)確定了7個缺失攜帶者。我們

    推測從下一代測序到低成本篩選方法的方法是

    可復(fù)制,有助于減輕社區(qū)的疾病負(fù)擔(dān)。

    材料和方法

    患者和臨床檢查

    作為一項(xiàng)方案的一部分,對一個印度家庭的五名男性兒童進(jìn)行了評估

    關(guān)于Kozhikode政府醫(yī)學(xué)院的原發(fā)性免疫缺陷疾病,

    2015年至2015年期間,喀拉拉邦和德里基因組與整合生物學(xué)研究所

    2019.該研究獲得了政府醫(yī)療機(jī)構(gòu)倫理委員會的批準(zhǔn)

    學(xué)院、KozhikodeCSIR-IGIB(倫理編號:GMCKKD/RP2017/IEC/147)。書面的

    所有參與該項(xiàng)目的兒童的父母均獲得了知情同意

    學(xué)習(xí)索引病例為P2P3。經(jīng)過詳細(xì)的譜系分析,在半結(jié)構(gòu)化形式表中記錄臨床特征,包括診斷時的年齡、

    住院和PICU入院人數(shù)、感染類型、并發(fā)癥、結(jié)局等。

    進(jìn)行的臨床研究包括全血細(xì)胞計(jì)數(shù)、淋巴細(xì)胞亞群分析和免疫球蛋白測定。

    北京華新康信也有Bioz實(shí)驗(yàn)試劑銷售,下面給大家講講Bioz服務(wù)以及實(shí)驗(yàn)樣本;Moltox ForteBio Moltox ForteBio Moltox ForteBio Moltox ForteBio Moltox ForteBio  Toxin toxin toxin toxin toxin toxin toxin toxin toxin toxin toxin toxin toxin toxin  Bioz實(shí)驗(yàn)  Bioz試劑 Bioz說明  Bioz試劑方案Bioz實(shí)驗(yàn)說明  Bioz說明書 Bioz技術(shù)參數(shù) Bioz方案對比  Bioz介紹  Bioz廣州試劑 Bioz深圳試劑Bioz說明書 Bioz技術(shù)參數(shù)Bioz實(shí)驗(yàn)方案Bioz技術(shù)對比Bioz購買說明 Bioz天津試劑 Bioz北京試劑Bioz廈門試劑Bioz大理試劑Bioz武漢試劑Bioz福建試劑Bioz安徽試劑Bioz廣西試劑Bioz廈門試劑Bioz常州試劑Bioz安徽試劑Bioz長沙試劑Bioz哈爾濱試劑Bioz沈陽試劑Bioz深圳試劑Bioz武昌試劑Bioz湖北試劑Bioz湖南試劑Bioz上海試劑Bioz ForteBio實(shí)驗(yàn)試劑,moltox實(shí)驗(yàn)試劑,toxin實(shí)驗(yàn)試劑,ForteBio  moltox  toxin 各種試劑的實(shí)驗(yàn)參數(shù),說明書,歡迎咨詢  Bioz試劑介紹  Bioz試劑介紹  Bioz研究方案

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